Criando um atalho de Desktop no Linux

Crie um novo arquivo texto e coloque em seu conteúdo algo semelhante a isso:

[Desktop Entry]Type=ApplicationPath=/home/tito/seu_programa_python/Exec=python3 /home/tito/seu_programa_python/main.pyName=Seu Programa PythonTerminal=true

Path é basicamente a pasta onde o programa será executado. Se você estiver carregando algum arquivo através de referência relativa é importante que informe o Path corretamente.

O Exec é exatamente o comando que se irá executar.

Referências

https://askubuntu.com/questions/293636/how-can-i-run-a-python-script-with-out-the-prompt-run-in-terminal-display-can